Le cheval de Troie et les programmes de type « backdoor » - qui exploitent une porte dérobée - ont également connu leur heure de gloire en 2004. Populaires principalement parce qu'ils ouvrent les portes de millions de PC connectés à Internet au cybercrime organisé, ainsi qu'aux hackers mal-intentionnés.
Les chevaux de Troie ne sont pas une invention récente, indique Jesse Villa, chef de produit chez Frontbridge Technology. « Mais aujourd'hui, ils reposent sur une coopération entre les auteurs de virus, les spammeurs et les cybercriminels. Et sont dès lors plus perfectionnés et plus contagieux. »
Un exemple : l'augmentation massive des PC « zombies », qui servent de relais aux spammeurs, et pour les attaques DDOS (Distributed DOS). Selon Jesse Villa, 3000 zombies étaient recensés, fin 2003. Fin 2004, leur nombre s'élève à près de 300 000.
Les chevaux de Troie ont également été les acteurs silencieux de quelques affaires, notamment le vol du code source du jeu Half-Life 2.
Alarmiste, Mikko Hyppönen de chez F-Secure, estime quant à lui la prolifération des « bots » plus inquiétante que celle des virus.