Oxford Nanopore a dévoilé deux produits qui pourraient révolutionner le marché du séquençage des gènes dans les domaines de la recherche fondamentale et de la médecine : un noeuds de séquenceurs d'ADN capable de traiter un génome humain complet en un peu moins de 15 minutes, contre plusieurs semaines aujourd'hui, et une grosse clé USB capable de lire directement l'ADN dans du sang et, dans certains cas, sans préparation d'échantillon.

Les deux produits ont été présentés la semaine dernière lors d'une conférence en Floride. La société affirme que sa technique de séquençage ADN nanopore (un nanopore est un pore d'un diamètre compris entre 1 et 100 nm) peut lire plus rapidement et à moindre coût les brins biochimiques de l'ADN.

Une unité de traitement de type cluster

Le premier produit de la firme, le Gridion (voir ci-dessous), est de la taille d'un serveur rack, et se compose d'une matrice propriétaire de protéines nanopores noyées dans une solide membrane en polymère. Les brins d'ADN individuels passent à travers la maille de la membrane capable de filtrer 400 nanopores. Chaque noeud d'un Gridion est capable de traiter les dizaines de gigaoctets de données de séquençage par période de 24 heures.

Les noeuds peuvent être regroupés pour augmenter le nombre d'expériences menées à un moment donné, si un traitement plus rapide est nécessaire. Dans le cas d'une enquête criminelle par exemple. Une installation avec 20 noeuds, soit une configuration capable de traiter 8 000 nanopores simultanément, peut livrer un génome humain complet en 15 minutes.



Une grosse clef USB pour faciliter les prélèvements

D'un autre côté, le dispositif miniaturisé Minion a été conçu pour l'analyse portable de molécules uniques. Oxford Nanopore indique que cet appareil bon marché et facile à utiliser est censé rendre plus accessible le séquençage d'ADN pour identifier des virus pathogènes ou observer les mutations génétiques d'une maladie. 

« Le développement nécessaire pour arriver à ce type de capteur nanopore a demandé près de deux décennies ; une véritable technologie de rupture pour analyser une simple molécule, intégrée à deux nouveaux produits électroniques capables de réaliser un séquençage universel », a déclaré le Dr Gordon Sanghera, CEO d'Oxford Nanopore. « Gridion et Minion sont prêts à offrir une toute nouvelle gamme de prestations aux chercheurs et aux cliniciens."

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Oxford Nanopore annonce son intention de commercialiser en direct ses appareils Gridion et Minion, et ce dès 2012. Le petit dispositif Minion devrait se vendre à moins de 567 £ (689 €), et un système de tarification évolutif (à la quantité achetée pour assembler des noeuds) sera introduit pour le système Gridion, conçu dès l'origine pour offrir un prix plancher aussi compétitif que les autres systèmes sur le marché.

Les séquenceurs d'ADN actuellement sur le marché, conçus par les sociétés américaines Illumina et Life Technologies, sont beaucoup plus grands et demandent beaucoup de temps pour livrer leurs résultats. Life Technologies a toutefois récemment fait sensation avec l'annonce d'une machine qui pourrait lire un génome humain complet - 3 milliards de brins ADN - en moins d'une journée pour un tarif de 1 000 $ (par séquençage).

« La plate-forme technologique d'Oxford Nanopore est un élément perturbateur qui va changer la donne et fournir de nouveaux usages et avantages à la science et la médecine», a déclaré Alan Aubrey, directeur général de Groupe IP, qui détient 21,5 % d'Oxford Nanopore. « L'importance de cette technologie est, en termes d'échelle, analogue au passage de l'ordinateur central au PC portable. »

Les applications potentielles sont très nombreuses et incluent le dépistage du matériel génétique, le dépistage prénatal des anomalies génétiques et des tests diagnostiques visant à identifier les mutations génétiques qui ont des applications dans les marchés agricoles, environnementaux et médicaux, selon Alan Aubrey.