Suite à des plaintes émanant d'associations, une enquête inter-ministérielle a été ordonnée visant l'AFSSE. Cet organisme, devenu depuis AFSSET - l'Agence Française de la Sécurité Sanitaire de l'Environnement et du Travail - a publié plusieurs rapports entre 2001 et 2003 concernant les risques sanitaires liés à l'utilisation des téléphones mobiles.

Le verdict est sans appel. L'AFSSE a remis ces rapports alors que trois experts sur dix étaient liés plus ou moins directement à des opérateurs. De plus, des erreurs de procédures ainsi que de communication ont émaillé le travail de l'agence. Les conclusions de l'enquête sont sévères : « il est apparu que les travaux de l'AFSSE en matière de téléphonie mobile se sont déroulés avec des défaillances relatives à la méthode suivie sur les procédures [...] leur impact a été amplifié par d'autres erreurs, concernant cette fois la communication. » Outre le recrutement contestable des experts, l'AFSSE s'est retrouvé dotée de moyens financiers insuffisants en regard de sa mission. L'enquête souligne ce fait en insistant sur la difficulté à rester indépendant face à cette pénurie : « du fait de la modestie de son effectif et de son budget, l'agence a peu de poids face à nombre de ses partenaires institutionnels. »

Les associations Agir pour l'Environnement et Priartem - qui militent pour une règlementation des antennes relais - sont satisfaites de la publication de ce rapport d'enquête. Elles espèrent l'ouverture d'une nouvelle enquête concernant les risques sanitaires liés aux téléphones mobiles. L'AFSSET ne l'exclut pas. L'agence précise que l'époque citée par le rapport est révolue et que son organisation interne est de nouveau conforme aux exigences attendues. Concernant la téléphonie mobile, des études expérimentales et épidémiologiques sur les effets à long terme de l'exposition aux ondes de téléphonie mobiles sont en cours.