Si certains, comme l'Afdel (association française des éditeurs de logiciels), se réjouissent de l'entrée du numérique au gouvernement, d'autres émettent certaines réserves sur cette initiative. C'est le cas de l'April, qui déplore la réduction des problématiques du numérique aux seuls aspects économiques. L'Association pour la promotion et la recherche en informatique libre estime que « l'État doit également considérer les bénéfices des technologies numériques pour les citoyens, notamment en termes de disponibilité, d'échanges et de partage des savoirs, pour tous et par les citoyens eux-mêmes ». Elle s'inquiète également de cette nomination en raison des opinions exprimées par Éric Besson à l'automne 2007. L'April rappelle que le secrétaire d'État avait déclaré vouloir « renforcer énergiquement la protection de la propriété intellectuelle, qui demeure aujourd'hui trop timorée ». En préconisant pour cela de « s'inspirer de l'attitude beaucoup plus offensive des USA ». Or pour l'association libriste, la politique américaine dans ce domaine a conduit à l'adoption par de nombreux pays de lois qui se révèlent étouffantes pour les libertés et le développement économique et social. « La riposte graduée, les brevets logiciels et les atteintes à la neutralité d'Internet ne sont pas des perspectives d'avenir, d'innovation, ni de progrès, estime Frédéric Couchet, délégué général de l'April. L'histoire démontre que le modèle outre-Atlantique sert principalement les industries américaines, et en aucun cas l'économie française et européenne. » Avant tout nouveau chantier, l'April demande que ce secrétariat d'État ait comme première mission de dresser un bilan de la législation existante. En amont des projets de loi, il devra également procéder à des études d'impact, en particulier en termes de coût pour la compétitivité dans l'économie numérique, mais aussi pour les libertés publiques et la participation démocratique des citoyens à l'ère du numérique.