Au bout de trois ans, l'AP-HM a constaté l'échec du projet après de multiples reports. L'absence de renouvellement du système d'information continuait de poser les problèmes de facturation des prestations effectuées en plus des coûts liés directement au projet en échec (4,7 millions d'euros). Le préjudice global a été estimé par l'AP-HM à 19,6 millions d'euros mais l'établissement avait renoncé à percevoir des indemnités de retard dans la livraison du projet en échange d'un simple décalage de la livraison qui n'a, au final, jamais eu lieu.

La Cour regrette que le marché principal n'ait pas été précédé d'un marché de définition qui aurait permis de consolider le cahier des charges et d'éviter les dérives constatées. Elle fustige également le financement du projet par une subvention nationale de 9 millions d'euros alors que l'échec était patent.

Soins palliatifs sur le projet

En 2009, pour éviter un désastre complet, des solutions complémentaires ont été mises en oeuvres à côté du dossier patient, notamment pour gérer la T2A et le PMSI et ainsi assurer la facturation. D'autres pans du projet ont également fait l'objet de dérives gênantes. A la pharmacie, des outils successifs ont été mis en place pour gérer le circuit du médicament, provoquant des conflits entre les services médicaux et la pharmacie. Le coût de ces hésitations a impliqué des surcoûts de l'ordre de 1 million d'euros. Au total, le coût direct de l'échec de la refonte du système d'information de l'AP-HM a été estimé à 14 millions d'euros. A cela, il faut ajouter environ 4,5 millions d'euros de pertes de recettes liés aux dysfonctionnements de la facturation.

La direction de l'AP-HM, dans sa réponse à la Cour, a estimé que le jugement porté était particulièrement sévère. Les logiciels acquis pour gérer la T2A et le PMSI sont ainsi destinés à rester en fonction et ne peuvent pas être considérés comme des solutions d'attente.
Pour éviter à l'avenir de telles dérives preuves de manquements substantiels dans le pilotage, la Cour recommande la mise en place d'un centre d'expertise national sous l'égide d'organismes comme l'ANAP ou l'ASIP Santé. Dans sa réponse, la ministre Valérie Pécresse a déclaré étudier cette possibilité.