Décidément, Sun Microsystems n'a pas beaucoup de succès avec ZFS. Après avoir été rejeté publiquement par Apple pour son futur Mac OS X 10.5, ce gestionnaire de fichier au coeur de Solaris pourrait voir son développement stoppé net. Network Appliances vient en effet d'entamer une procédure judiciaire contre Sun l'accusant de violer avec ZFS, sept de ses brevets, notamment ceux utilisés dans son propre système de fichiers WAFL et ses technologies Raid. Pour Dave Hitz, co-fondateur de NetApp, ZFS est une « ré-implémentation consciencieuse de notre système de fichiers WAFL, avec peu d'égard pour les droits de propriété intellectuelle. » La société précise également que ce procès fait suite à des menaces reçues 18 mois plus tôt, où Sun réclamait des dommages et intérêts pour des brevets acquis avec l'achat de StorageTek. Network Appliances réclame donc désormais une somme non révélée en dommages et intérêts, et surtout l'arrêt de toute distribution et de tout développement par Sun des technologies détenues par NetApp, y compris de ZFS. A cette attaque, Sun accuse son adversaire de mensonges et de comportement anti-Open Source primaire : « Ce procès est une indication claire que NetApp considère la technologie de Sun comme une menace, et est une attaque directe à la communauté Open Source. Plusieurs des affirmations faites sont fausses. »