Baptisé agence européenne pour la gestion opérationnelle des systèmes d'information à grande échelle, cet organisme sera responsable de la supervision d'une très vaste quantité de données sensibles. Trois bases de données sont aujourd'hui concernées : le futur système d'information Schengen de deuxième génération ou SIS II (base de données commune qui facilite l'échange d'informations sur les individus entre les forces de police nationales), le système d'information sur les visas ou VIS (une base de données qui permet aux États membres d'entrer, de mettre à jour et de consulter les visas et les informations biométriques associées, par voie électronique) et le système "Eurodac" (un système informatique permettant de comparer les empreintes digitales des demandeurs d'asile et des immigrants illégaux). L'agence sera aussi responsable de la gestion de tous les autres systèmes d'information qui pourraient être mis au point à l'avenir dans l'espace européen de sécurité et de justice.

Compte tenu de la sensibilité des informations stockées dans ces bases de données, les experts ont averti que la sécurité devrait être irréprochable pour éviter que de grandes quantités d'informations soient détournées par les cybercriminels. Plus tôt cette année, une attaque contre la Commission européenne a perturbé le système de messagerie, tandis qu'une intrusion sur le système communautaire d'échange de quotas de CO2 a vu au moins 30 millions d'euros de quotas d'émissions volés. 

Cette nouvelle agence sera également chargée de la gestion des systèmes d'informations qui pourraient être développés à l'avenir. Toutefois, chaque intégration d'un nouveau système devra faire l'objet d'une décision spécifique du Conseil et du Parlement européen. Selon le planning présenté par le Conseil de l'Europe, l'objectif visé est que l'agence commence à travailler au cours de l'été 2012. L'agence aura son siège à Tallinn, Estonie. Les tâches liées au développement et à la gestion opérationnelle seront réalisées à Strasbourg (France). Un site de secours sera installé à Sankt Johann im Pongau (Autriche)