Parmi les mesures proposées pour remédier à cet état de fait, la décision 58 implique de promouvoir les logiciels libres, dont l'intérêt est selon le rapport d'induire « une économie moyenne de 36% en recherche et développement pour les entreprises utilisatrices ». Le rapport préconise donc d'instaurer « un objectif de 20% des applications nouvellement développées ou installées au profit du secteur public en Open Source » d'ici « à l'horizon 2012 », de « considérer fiscalement, comme aux États-Unis, les aides aux communautés des logiciels libres comme du mécénat de compétence », et d'exiger, « à un niveau européen dans le cadre de la politique de la concurrence entre solutions logicielles, la fixation de normes internationales garantissant l'interopérabilité entre logiciels libres et les logiciels propriétaires, en priorité ». De son côté, l'Afdel estime que le Libre n'est pas une réponse au besoin d'innovation, « la valeur ajoutée du modèle Open Source résidant davantage dans une stratégie commerciale qui vise à faire tomber les barrières à l'entrée, en déplaçant le prix du produit vers le service ». L'Afdel, présidée par Patrick Bertrand, DG de l'éditeur de progiciels Cegid, préférerait des mesures d'aide aux PME du logiciel et non qu'elles soient ainsi écartées du secteur public : « Plutôt que de tabler sur le gisement de croissance (8% en moyenne en 2007) dont sont porteuses les 2500 entreprises françaises du logiciel qui emploient 60 000 personnes, la Commission Attali privilégie étonnamment une stratégie de coûts. »