La manifestation est parrainée par le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, par celui de l'Ecologie, du Développement et de l'Aménagement durable, et par le ministère de la Santé de la Jeunesse et des Sports. Trois parrains emblématiques ont également été sollicités : le photographe Yann Artus-Bertrand, le designer Ora Ito et le champion du monde de snowboard Mathieu Crépel. Enfin, outre la Ville de Paris qui accueille l'événement, l'Ademe (l'agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie) figure parmi les partenaires de l'Imagine Cup, ainsi que l'association de Yann Arthus-Bertrand, GoodPlanet. Cette dernière va aider les organisateurs, par l'intermédiaire de son programme Action Carbone, à « réduire l'empreinte environnementale » de la manifestation. Volontaire sur cet aspect, Microsoft tient même à préciser qu'un bilan des émissions de CO2 sera effectué à l'issue de l'Imagine Cup 2008, avec l'objectif de « compenser » ses conséquences par le financement de projets portant sur la réduction des gaz à effet de serre.