L'édition Entreprise de la base de données MySQL va rester sous licence GPL mais ne sera plus aussi facilement accessible. Le fichier binaire à installer directement sera réservé aux clients payants de MySQL, qui auront souscrit à une offre de support. Comme l'indiquent les dirigeants de MySQL, le logiciel restera librement accessible sur le site comme l'exige la licence, mais, de fait, cela demandera plus de temps et d'efforts pour l'installer. L'annonce est déjà reprise et critiquée sur les blogs, parfois avec virulence. On reproche surtout à MySQL de respecter la lettre de la licence GPL et non son esprit. Le fondateur du club utilisateur britannique Andrew Poodle cherche de son côté à calmer les esprits : « [Les gens de] MySQL ne ferment pas le code [...], ils séparent simplement leur côté commercial de leur côté communautaire. » Il est aussi reproché à MySQL, qui introduit ses nouvelles fonctionnalités en premier dans l'édition Community de son produit, de s'en servir comme outil de test pour ne pas déstabiliser l'édition Enterprise. Du coup, MySQL a décidé de changer cela aussi : les nouveautés seront testées dans des versions alpha et bêta de la MySQL Community Edition avant de rejoindre la version stable de la base de données. Enfin, à ceux qui craignent que cela ne préfigure un changement vers une licence non Open Source, Kaj Arno, vice-président responsable des relations avec la communauté, répond que le seul changement envisagé concerne un éventuel passage de la GPL v2 à la GPL v3.