« Pour de nombreux utilisateurs de Hadoop, l'approche la plus efficace en matière de  sécurité consiste à crypter les données au premier niveau, quand celles-ci transitent ou sont stockées dans un environnement Hadoop, » a encore déclaré l'ingénieur. D'une manière générale, celui-ci conseille aux entreprises d'être prudentes quand elles utilisent ces technologies. Il fait remarquer que, utilisées seules, certaines fonctionnalités de sécurité du système de fichiers distribués intégré de Hadoop - Hadoop Distributed File System (HDFS) - comme les listes de contrôle d'accès (Access Control Lists) et les Kerberos ne sont pas adaptées à un usage en entreprise.

Selon David Menninger, analyste chez Ventana Research, « les problèmes de la sécurité et de contrôle d'accès justifient le fait qu'Hadoop n'est pas prêt à remplacer les bases de données relationnelles dans l'entreprise. » Pour Sid Probstein, directeur des technologies chez Attivio, qui vend des technologies de gestion d'accès unifié dans les environnements Big Data, « Hadoop est une technologie formidable, mais il lui manque certains éléments pour être utilisé en entreprise. »